自動查驗通關系統是採用電腦自動化的方式，結合生物辨識科技，讓旅客可以自助、便捷、快速的入出國，旅客只要完成自動通關申請註冊後，就可以使用。未來一旦完成註冊，即可快速通行有自動查驗通關系統之機場、港口。本項系統可以疏解查驗櫃檯等候時間，目前美國、澳洲、日本、韓國、新加坡、香港等也有類似自動查驗通關的服務。本系統可提供民眾自助、快速、便捷的入出國通關服務，由原來查驗時間30秒縮短為12秒，並可以臉部或指紋等生物科技過濾旅客身分，讓查驗工作更有效率且落實。系統亦可解決現行查驗人力不足問題，以科技取代人工查驗，有效提升國家形象。
要如何申請？
我國國民只須持「中華民國護照」或「臺灣地區入出境許可證(金馬證)」及政府機關核發之證件(如身分證、健保卡、駕照等)至申請櫃檯即可免費辦理註冊(持金馬證者，僅限金門水頭商港使用)。申請時電腦會錄存申請人臉部影像或雙手食指指紋（指紋為自願錄存項目，非必要項目），申請人再於申請書上簽名確認即完成程序，整個流程大約需要2分鐘即可完成。申請書由系統自動印出，申請人簽名即可，節省民眾填表時間。要注意的是，申請人必須年滿14歲，身高要140公分以上，且未受禁止出國處分之有戶籍國民。
申請地點？
1.松山機場入、出境查驗櫃檯(管制區內)。申辦時間為每日08:00至22:30。
2.桃園機場第一、第二航廈入、出境查驗櫃檯。
入境證照查驗區(管制區內)：申辦時間為每日10:00至23:00。
出境證照查驗區(管制區外)：3樓出境大廳15號報到櫃檯對面辦公室；申辦時間為每日07:00至22:00。
第二航廈出境大廳移民署櫃檯(管制區外)：申辦時間為每日07:00至22:00。
3.高雄機場入、出境查驗櫃檯。申辦時間為每日08:00至22:00。
4.高雄機場一樓服務檯(臺銀旁)。申辦時間為每日05:30至17:00。
5.金門水頭商港入、出境查驗櫃檯。申辦時間為每日07:30至18:30。
6.臺中機場入境查驗櫃檯(管制區內)。申辦時間為每日09:00至18:00。
7.臺中機場出境查驗櫃檯(管制區內)。申辦時間為每日08:00至17:00。
8.臺北市服務站、臺中市第一服務站、嘉義市服務站、高雄市第一服務站。
申辦時間為週一至週五，每日08:00至17:00。
民眾可以利用出國或回國等候的時間，在機場移民署申請櫃檯辦理註冊。
如何使用自動查驗通關系統？
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